Site Naturel
Pertes de l'Ain
BOURG-DE-SIROD 
Site Naturel
Domaine départemental des Grands-près
SAINT-AGNAN 
Site Naturel
Cascades du Flumen (classé patrimoine naturel d'intérêt national)
SAINT-CLAUDE 
Site Naturel
Réservoir de Panthier
VANDENESSE-EN-AUXOIS 
Site Naturel
L'Échappée des 1000 étangs
MELISEY 
Site Naturel
Lacs d'Étival
ETIVAL 
Site Naturel
Lac de Clairvaux
CLAIRVAUX-LES-LACS 
Site Naturel
Le Réservoir du Châtelet
FACHIN 
Site Naturel
Lac de Chamboux
SAINT-MARTIN-DE-LA-MER 
Site Naturel
Lac de Besain
BESAIN 
Site Naturel
Lac de Marcilly-sur-Tille
MARCILLY-SUR-TILLE 
Site Naturel
Cascade de l'Audeux
CHAUX-LES-PASSAVANT 
Site Naturel
Grottes de Baume-les-Messieurs
BAUME-LES-MESSIEURS 
Site Naturel
Le Petit Lac de Pannecière
MONTIGNY-EN-MORVAN 
Site Naturel
Cascade du Rougnon
LAISSEY 
Site Naturel
Cascade de la Billaude
LE VAUDIOUX 
Site Naturel
Source du Lison
NANS-SOUS-SAINTE-ANNE 
Site Naturel
Cascade du Gour de Conche et Roche Tuffiere
MYON 
Site Naturel
La Résurgence de la Grotte des Planches
LES PLANCHES-PRES-ARBOIS 
Site Naturel
Réserve naturelle de la Tourbière de la Grande Pile
SAINT-GERMAIN 
Site Naturel
Le lac d'Ilay
LA CHAUX-DU-DOMBIEF 
Site Naturel
Sentier botanique du Moulin de Vanneau
SAINTS-EN-PUISAYE 
Site Naturel
Lac de Viry
VIRY 
Site Naturel
Gorges de Malvaux - Bief de la Ruine
FONCINE-LE-BAS